Le sezioni più antiche della struttura – cisterne scavate nella roccia calcarea – erano utilizzate dalle tribù messapiche per conservare il latte al fresco e al riparo dalla luce prima che le tecniche di fermentazione arrivassero dalle colonie greche. Nel XVIII secolo, la masseria fungeva sia da fortezza che da caseificio; le sue alte mura proteggevano mandrie di bovini Podolica il cui latte, più ricco di grassi rispetto alle razze di pianura, divenne la base della produzione di burrata e stracciatella in tutta la Valle d'Itria.
Oggi la masseria opera come un caseificio attivo, producendo formaggi freschi ogni giorno utilizzando latte crudo del proprio allevamento. Ciò che distingue Masseria Seppunisi dai caseifici industriali è l'adesione a metodi preindustriali: il caglio viene aggiunto a mano, la cagliata viene filata in tini di rame riscaldati su fuochi a legna e i sacchetti di burrata vengono legati con strisce di foglie di asfodelo anziché con la plastica. Il ciclo di produzione inizia all'alba, quando il latte della notte raggiunge l'acidità precisa necessaria per la cagliata di mozzarella. Alle otto del mattino, la prima burrata della giornata – ancora calda, con il cuore di stracciatella che fuoriesce – è pronta per la degustazione. Questo è ciò che un degustatore professionista di formaggi definisce tempistica di valutazione ottimale: i grassi non si sono ancora separati, le culture lattiche sono ancora attive e il profilo aromatico conserva l'intero spettro di note erbacee, leggermente aspre e dolci.
Il formaggio dal gusto più intenso prodotto qui è il caciocavallo podolico stagionato, una varietà a pasta filata appesa nelle fresche volte in pietra della masseria per dodici-diciotto mesi. Il suo sapore – pungente, cristallino, con sentori di fieno e pietra bagnata – riflette le abitudini di pascolo estivo dei bovini Podolica, che si nutrono di timo selvatico e cisto sull'altopiano della Murgia. Il formaggio da tavola italiano, al contrario, include varietà più giovani come il primo sale e la ricotta forte, vendute entrambe nel punto vendita della fattoria a poche ore dalla produzione. Il prodotto alimentare più famoso della Puglia rimane l'orecchietta, ma per gli abitanti di Ceglie Messapica la burrata ha lo stesso peso culturale: fu inventata trenta chilometri più a ovest, ad Andria, nel 1920, e la versione di Masseria Seppunisi – fatta con latte di origine singola e senza refrigerazione fino alla vendita – è considerata tra le espressioni più pure di quell'invenzione. Un tour di un caseificio pugliese qui non è un'attività ricreativa; è un incontro concreto con un sistema di produzione che è cambiato a malapena in duecento anni.
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